6月1日，市中药研究院中药种植团队在开放获取期刊Horticulture Research杂志上以“The first chromosome-level reference genome of Coptis chinensis provides insights into genomic evolution and berberine biosynthesis.”为题，在线发表了重庆道地药材黄连（Coptis chinensis Franch.）的染色体水平精细基因组图谱。
黄连（Coptis chinensis Franch.）为毛莨科半阴性多年生草本植物，以根茎入药，始载于《神农本草经》，列为上品，在我国已有两千多年的药用历史，具有清热燥湿、泻火解毒的功效。目前我国黄连药材多来源于栽培，具有600多年的悠久栽培历史，主产重庆、湖北、四川、湖南、陕西等省市，黄连为重庆著名的道地药材，重庆市石柱县是中国著名的“黄连之乡”。
研究团队利用二代Illumina Hiseq 2000和三代PacBio测序平台进行测序，结合10x Genomics和Hi-C获得了染色体水平的精细基因组，该基因组大小为1046.91 Mb，contig N50为1.58 Mb，Scaffold N50 达到4.53 Mb，95.69%的序列锚定到9条染色体上。研究者利用黄连、耧斗菜以及其他7个物种的基因组数据，根据序列相似性，共鉴定出817个常见的单拷贝同源基因家族，以及1934个黄连特异性基因家族；同时利用黄连基因组内、与其他物种基因组间的共线性分析以及Ks分析，检测到黄连经历过全基因组复制事件，揭示黄连基因组在历史进化中经历了复杂的染色体断裂、融合及片段重组过程。
该研究综合解读了黄连基因组的基本特征、以黄连为代表的毛茛科植物物种进化位置、黄连全基因组多倍化事件以及黄连基因组进化历史，对黄连生物碱类成分合成代谢网络中相关关键基因进行了深入研究。高质量的黄连全基因组序列有助于进一步深入开展分子遗传学研究，从基因组水平上鉴定控制根系发育、养分吸收及利用、有效成分物质代谢途径、抗逆性与抗病性相关的功能基因，甚至解析其驯化选择历程与道地性成因，从而推动黄连基础研究的快速发展和加快新品种创制。
（来源：重庆市科学技术局门户网站）
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