近年来，内蒙古科尔沁工业园区按照“集约经营、清洁生产、循环发展”的原则，不断加大建设力度，现已初步形成玉米生物科技、原铝及铝后深加工、绿色农畜产品加工和机械装备制造四大主导产业，在基础设施配套、重点产业培育、循环经济发展等方面均走在了自治区前列。2012年及“十二五”时期，科区将重点实施“16684”工程，即打造一个产值超千亿元的工业园区，做强“六大支柱产业”，打造“六大专业园区”，构筑“八大知名基地”，培育4户百亿企业，推进工业经济快速发展。
高起点统筹布局，做强六大支柱产业。科区延伸产业链条、做精玉米生物科技产业；形成高端产业链条，做强原铝及铝后加工产业；主抓肉类深加工，做大绿色农畜产品深加工产业；加快太阳能、风电、生物质能源的开发利用，大力发展新型装备制造产业、硅砂及新能源产业；加强与知名药企的合作，发展医药产业。2012年六大产业将实现产值640亿元、利税45亿元。
功能分区，夯实产业发展平台。按照“规划科学、定位准确、布局合理、功能健全”的要求，科区对工业园区进行功能分区管理和建设。到“十二五”期末，玉米生物科技、原铝及铝后加工、绿色农畜产品深加工三大产业园区形成一定的影响力，新型装备制造产业、硅砂及新能源和医药三大产业初具规模。
重点培育八大知名基地，四个超百亿企业。到2015年，把工业园区建设成为全国知名的玉米生物科技示范基地、自治区乃至东北地区知名的有机食品加工基地和世界最大的氨基酸生产基地。按照现有企业发展情况，科区确定百亿以上重点企业4户，分别为梅花生物、金锣食品、霍煤碳素和长星风电。全力培育200亿元梅花生物科技，全力建设百亿元金锣食品，全力扶持霍煤碳素项目和全力扶持长星集团风电产业园项目。
