2004年7月，国家科技部和上海市政府正式签署了工作会商制度议定书，从而建立起全新的“部市合作”机制。三年多来，双方在项目攻关、人才培养、基地建设、机制创新等方面密切合作，取得了积极进展。一批重大战略产品的研发，为国家安全、产业升级提供了重要支撑；一组重要科技示范工程的建设，为促进公益事业和可持续发展发挥了引领作用；一系列体制机制的突破，为完善创新体系、优化创新环境提供了保证。
万钢在讲话时指出，中国的科技发展已进入到一个重要的跃升期，科技事业迎来了最好的发展时期，地方科技工作已成为全国科技工作中最为活跃、最有活力的部分，既是全国科技工作的重要组成部分，也是国家科技工作的重要支点。上海是我国创新能力最强的地区之一，上海的科技工作定位高、眼光远、实力强、办法多、抓手实、成效好，与科技部的合作工作成绩多，富有创造性。下一步科技部将与上海进一步紧密合作，全面落实科学发展观，以增强自主创新能力为主线，共同推动创新型国家和上海创新型城市的建设，集成优势，切实组织好重大专项；围绕重大需求，体现科技的支撑和引领作用；进一步当好改革开放的排头兵，积极探索和创新科技管理机制；进一步发挥上海的辐射带动作用，促进长三角区域创新体系建设和区域协同发展。
韩正代表上海市政府，对科技部长期以来所给予的关心支持和指导帮助表示衷心感谢。他说，三年多来的成效表明，部市合作是国家指导地方科技创新、地方服务国家战略的一项创新性举措，是落实科学发展观的一个重要机制。围绕贯彻落实党的十七大精神，下一步上海将紧密结合自身实际，深化部市合作，更好地做到“两个紧密服务”：一是紧密服务国家战略。要围绕建设国家创新体系的目标，根据国家科技发展战略布局，全力以赴实施好国家重大科技项目；二是紧密服务经济社会发展，推动产业结构调整和经济社会又好又快发展，推动资源节约型、环境友好型城市建设，推动体制机制创新。他表示相信，在未来发展中，部市合作一定会有更加广阔的舞台，一定能够取得更加丰硕的成果。
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